Der Fischotter war einst in Österreich weit verbreitet. Jahrhunderte lange Verfolgung, Zerstörung der Lebensräume und Umweltgifte führten dazu, dass er Mitte der 1980er Jahre nur mehr sehr selten anzutreffen war.
In den letzten zwei Jahrzehnten hat sich die Art erfreulicherweise wieder von selbst ausgebreitet. Dies geht durch die steigende Dichte leider nicht konfliktfrei vor sich. So haben weder die Angelfischerei noch die Teichwirtschaft ihre Freude mit der Fisch fressenden Art. Diese machen nun gegen den Otter massiv Stimmung und fordern eine Bestandsregulierung..
Auch, wenn in einigen Gegenden der Fischotterbestand zugenommen hat, so trifft dies österreichweit nicht zu: Die Wassermarder sind in Ostösterreich weit verbreitet, fehlen in Westösterreich aber nach wie vor fast überall. Der Lebensraum des Fischotters sind naturnahe Fließgewässer. Die Lebensgemeinschaften der Fließgewässer haben durch Begradigung, durch die Verbauung der Ufer und der Sohle, durch Einleitung von organischen und anorganischen Stoffen aus dem umliegenden Agrarland und dem Siedlungsgebiet u.a. massiv gelitten.
Die Probleme mit dem Fischotter zeigen auf, dass dringend Maßnahmen zum Schutz der Lebensgemeinschaft in den Fließgewässern getroffen werden müssen.
Der Fischotter ist nach dem Europarecht geschützt: er ist sowohl in der FFH-Richtlinie im Anhang II und IV als auch in der Berner Konvention als streng zu schützende Art genannt. Österreich ist damit verpflichtet, für einen günstigen Erhaltungszustand der Art Sorge zu tragen.